如何解决在使用 bwa、samtools
尝试设置基本的读取映射工作流程。读取映射规则运行正常并生成 .sam 文件,但 snakemake 跳过在该 .sam 文件上运行 samtools fixmate 以生成 .bam 文件的第二条规则。
rule all:
input:
"{sample}.bam"
rule bwa_map:
params:
index="../ref/GCF_000004255.2_v.1.0_genomic"
input:
"{sample}_1.fastq","{sample}_2.fastq"
output:
"{sample}.sam"
shell:
"bwa mem -M -t 6 -r 1 -o {output} {params.index} {input}"
rule fixmate:
input:
"{sample}.sam"
output:
"{sample}.bam"
shell:
"samtools fixmate -O bam {input} {output}"
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