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如何从 phyr 包中验证系统发育 glmm?

如何解决如何从 phyr 包中验证系统发育 glmm?

我有一个包含 30 个植物物种、6 个处理和每个 sP*trmt 组合(n=900)的 5 个重复的数据集。我测量了几个性状,例如发芽率、同步性、幼苗生物量等。我还有一个系统发育树,其中仅包含我的 30 个物种。

我使用 R 并且我想将系统发育包括到我的 glmm 分析中,但是我遇到了许多仅当每个物种名称具有唯一值时才起作用的软件包;由于存在处理和重复,这显然不适用于我的数据。今天我找到了一个最近发布的名为 phyr 的包,它解决了这个问题。但是,我似乎无法找到一种方法来检查此包创建的模型的有效性,因为 DHARMa 不支持它。

为了包含不受支持的包,DHARMa 的创建者建议“手动从拟合模型创建模拟,然后将这些模拟读入 DHARMa 以进行相应的检查”https://github.com/florianhartig/DHARMa/wiki/Adding-new-R-packages-to-DHARMA

然而,这确实超出了我的编码能力,尤其是因为我有不同类型的模型(高斯、二项式等)。有没有人知道如何替代验证模型或可以向我提供一些代码来这样做?

非常感谢!!

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