如何解决尝试使用命令工具下载 STAR 的参考基因组
我目前处于我的 RNA-seq 工作流程的阶段，其中涉及使用对齐工具，为此我选择了 STAR（这是通过 SSH puTTY 下载的，因为我在 Windows 上，所以我可以使用它）。下载成功，下一步是下载参考基因组FASTA和GTF文件。
我从ENSEMBL找到了FASTA和GTF文件，下面分别是两者的链接： (1) ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.gz (2) ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.102.gtf.gz
一切看起来都很好，但是当我尝试使用 head 命令检查文件是否可行（即显示大约 10 行表示为基数的数据）时，它反复向我显示字母 N（指数据未知或不可读）。这只发生在 FASTA 文件中，GTF 文件似乎没问题。
我不确定接下来要做什么或如何解决这个问题，任何帮助将不胜感激。谢谢！
我使用的代码如下：
wget --directory-prefix GENOME_DIR ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.gz
#下载ftp文件
ls GENOME_DIR
#检查相应文件是否在指定目录下
gunzip GENOME_DIR//Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.gz
#解压文件
ls GENOME_DIR
#检查文件是否已解压
FASTA=GENOME_DIR/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa
#定义变量
头FASTA
#检查文件的可行性。
在这一点之后，该命令只是给了我一堆 N，因此，我无法继续。我还尝试了其他链接和其他来源，我也在 wget 命令中输入了 -m 开关，所以我不知所措。再次，任何帮助将不胜感激
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。