微信公众号搜"智元新知"关注
微信扫一扫可直接关注哦!

在具有 ZI 模型的 glmmTMB 对象上使用 predict() 时,它是否仅基于条件模型生成预期值?

如何解决在具有 ZI 模型的 glmmTMB 对象上使用 predict() 时,它是否仅基于条件模型生成预期值?

我的模型具有条件和零通胀元素。我正在使用 predict 从我的模型中获取预期值。我已经设置了 type = "response" 并且它提到了如何根据 predict.glmmTMB 文档中的零膨胀模型和非零膨胀模型产生预期值。我在 pred 中的值是否有条件,即只是模型的 NB 部分?

模型:

mod <- glmmTMB(Freq ~ Species * logging + (1|depl_ID),ziformula= ~ Species + logging,family=nbinom2,data=dat7,offset = log(depl_dur))

预测:

newd <- as.data.frame(cbind(unique(dat7[,c("logging","Species")]),depl_ID = "B10-2-16_20120806",Freq = 0,depl_dur = 1))

rownames(newd) <- NULL

pred <- predict(mod,newd,re.form = ~0,type = "response",se.fit = TRUE)

newd <- transform(newd,fit = pred$fit,se = pred$se.fit,fit.up = pred$fit + pred$se.fit,fit.down = pred$fit - pred$se.fit)

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。