如何解决在配置文件中使用 snakemake.utils 而不使用 conda-not-block-search-path-envvars
我刚刚从snakemake 5.28 更新到5.32,现在from snakemake.utils import read_job_properties
在我的snakemake 配置文件中为我的作业提交脚本抛出一个导入错误:
Traceback (most recent call last):
File "/ebio/abt3_projects/software/dev/ll_pipelines/llmgqc/bin/ll_pipeline_utils/profiles/sge/sge-submit.py",line 7,in <module>
from snakemake.utils import read_job_properties
ModuleNotFoundError: No module named 'snakemake'
使用 --conda-not-block-search-path-envvars
可防止出现此导入错误,但我宁愿不必每次运行 snakemake 时都使用 --conda-not-block-search-path-envvars
。
我没有看到 SLURM snakemake profile 用来解决这个导入问题的任何特别之处,所以我真的不知道除了一直使用 --conda-not-block-search-path-envvars
之外还能做什么。
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