如何解决DADA2 - 计算合并读取的百分比
我一直在跟踪 R 中的 tutorial for DADA2 以获得 16S 数据集,并且一切运行顺利;但是,我对如何计算合并读取的总百分比有疑问。在跟踪读取管道的步骤之后,使用以下代码:
merger <- mergePairs(dadaF1,derepF1,dadaR1,derepR1,verbose=TRUE)
然后通过每一步跟踪读取:
getN <- function(x) sum(getUniques(x))
track <- cbind(out_2,sapply(dadaFs,getN),sapply(dadaRs,sapply(mergers,rowSums(seqtab.nochim))
我得到一个看起来像这样的表格,在这里我正在查看使用上述代码制作的结果轨道数据框:
其中 input 是我输入的总序列(解复用后),filtered 是根据我选择的参数过滤后的总序列。 denoisedF 和 denoisedR 是已经去噪的序列(一个用于正向读取,另一个用于反向读取),合并读取的总数(来自上面的 mergePairs 命令)和 nonchim 是非嵌合体的总序列。
我的问题是......计算合并读取的百分比 - 这是一个简单的划分吗?假设取第一行 - (417/908) * 100 = 46% 或者我应该以某种方式在这个计算中加入 denoisedF 和 denoisedR 列?
在此先非常感谢您!
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