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从果蝇基因符号到人类基因符号的 ID 转换

如何解决从果蝇基因符号到人类基因符号的 ID 转换

我正在寻找 R 解决方案(或通用逻辑解决方案)来将黑腹果蝇基因 id 转换为智人基因 id。由于 biomart 数据集的不断变化的性质,以及它对互联网连接和服务器状态的依赖,使用 R/biomart 是有问题的。

基因 ID 是 Fl​​yBase 格式,但我也有人类友好的基因符号,例如

FBgn0259938 cwo
FBgn0036285 toe
FBgn0264490 Eip93F
FBgn0034903 sona

有什么想法吗?谢谢!

解决方法

我认为您可以使用 FlyBase orthologs 表,该表会定期更新,并且每个直向同源物也有 DIOPT 分数:ftp://ftp.flybase.net/releases/current/precomputed_files/orthologs/dmel_human_orthologs_disease_fb_2020_06.tsv.gz

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