安装新版本的 R 后恢复所有 R 包？

如何解决安装新版本的 R 后恢复所有 R 包？

当您进行 R 更新时，重新安装和更新已安装在您之前的 R 版本上的所有软件包的最佳方法是什么当您的某些软件包在 CRAN 上，但其余的在 github（或其他来源）上？

过去，我遵循 this 方法：

打开旧版本的 R（例如 R 3.6）并复制所有已安装的软件包：

installed <- as.data.frame(installed.packages())
#save a copy
write.csv(installed,'prevIoUsly_installed.csv')

然后安装并打开新版本的 R（例如 R 4.1），读入旧的软件包名称并安装（默认：CRAN）：

prevIoUsly_installed <- read.csv('prevIoUsly_installed.csv')
package_list <- as.character(prevIoUsly_installed$Package)
package_list

install.lib <- package_list[!package_list %in% installed.packages()]   
for(lib in install.lib) install.packages(lib,dependencies = TRUE)

这非常有效，但只会安装位于 CRAN 上的软件包，因此不会安装仅位于 github 上的所有软件包。有没有办法从 github 自动安装这些软件包？

您可以找出未安装的软件包（例如剩余的 github 个软件包）：

git_packages_not_installed <- install.lib[!install.lib %in% installed.packages()] 

我认为您需要知道作者姓名才能安装所有 github 软件包，所以我不确定如何自动执行此操作（例如 devtools::install_github("DeveloperName/PackageName")。我知道您可以提供两个存储库选项，但我不确定这个 helps 或看到 here。

这种情况下的最佳做法是什么？

谢谢

解决方法

如果您只使用 CRAN 包，我的建议将类似于 @CaptainHat 的建议，但有一个额外的步骤：首先将所有旧包复制到新位置，然后调用 update.packages(checkBuilt = TRUE,ask = FALSE)。这将更新为不兼容的早期 R 版本构建的那些。（只复制那些不存在的。如果你复制基础包，那会破坏 R。）

不幸的是，它不知道如何更新您从 Github 安装的软件包。我相信 remotes::update_packages() 应该能够处理这些，但我从未真正尝试过。

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不要删除旧的“library”文件夹，而是将内容复制到新的“library”文件夹中。

例如。将 C:\Program Files\R\R-4.0.2\library 的内容复制到 C:\Program Files\R\R-4.0.3\library 中。这就是 R 会寻找它们的地方。