如何解决如何使用 varscan 三重奏调用者管理 samtools mileup?
我已经看到如下使用 varscan 管道 samtools
samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp
但是如何为 varscan trio 管道以下管道
#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
-f ref.fasta \
dad.bam mom.bam child.bam > trio.mpileup
#Run VarScan trio
varscan trio \
trio.mpileup \ #this is input
trio.mpileup.output \ #this is output
--min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \
-adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15
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