代码不再用于在 R 中的素食主义者中更改 metaMDS 中点的形状/颜色

如何解决代码不再用于在 R 中的素食主义者中更改 metaMDS 中点的形状/颜色

我相信对此有一个简单的答案。我多年来一直在使用此代码，前几天在工作中我去进行排序，但它停止工作。 :( 当然，自从我运行这个特定的代码以来至少已经一年了，所以也许这个包已经随着更新而改变了。另外，可能有更好的方法来做到这一点，但这是我从某人那里得到的代码，它有一直有效。

我将以我的旧数据集为例，因为我遇到了与我在工作中使用的旧数据集相同的问题。非常基本的生态数据，具有 otu 频率和站点特征（这是一个小外观，有 3 个处理和 3 个物种，46 个 otus）。这类似于 R 中的沙丘或其他包含的数据集：

对于排序，我希望形状是不同的植物种类，颜色是不同的处理。这是我过去一直使用的代码，并且每次都可以使用：

data1<-read.csv("treatment_by_species.csv")
#data frame with fungal otus
fungal_measure<-data.frame(data1[,3:48],row.names=NULL)

#Lables for graph
trtlabels<-data1[,c(1,1)]

splabels<-data1[,2)]

#distance matrix
dm=bcdist(fungal_measure)
Meta_out=Metamds(dm,k=2,trymax=9999,utotransform=F)
Meta_out
windows(title="Meta_out")
stressplot(Meta_out)

#graph
color1=c("black","grey","grey96")
windows()
plot(Meta_out$points,type="n",xlim=c(-0.6,0.6),ylim=c(-0.6,0.6))
points(Meta_out$points,cex=1.5,pch=c(21,22,24)[splabels$Species],bg=color1[trtlabels$Treatment])
legend("topleft",bty="n",24,15,15),col=c("black","black","grey96"),legend=c("Aspen","Pine","Spruce","FFM","Peat","Subsoil"))

所以发生的情况是空白图形会很好地显示出来，但点根本不会绘制图形并且没有错误消息。我猜这与我如何编码标签有关。如果有人可以指出一个帖子或更简单的方法来做到这一点，将不胜感激。当事情停止工作时总是令人沮丧。