R 保存大小非常不同的相似对象会导致文件大小相同

如何解决R 保存大小非常不同的相似对象会导致文件大小相同

我在保存 dist-class 对象（使用 saveRDS）和获得比预期大得多的文件时遇到问题。可以在 https://github.com/kstagaman/stackoverflow-help

找到重现此问题的代码

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下面读取了一个 phyloseq 对象，其中包含一个非常大的社区矩阵 (47 x 1,060,929)

library(phyloseq)

obj.size <- function(x) {paste("Object size:",format(object.size(x),units = "auto"))}
f.size <- function(x) {paste("File size:",round(file.size(x) / 1024^2,1),"Mb")}

ps <- readRDS("example_phyloseq.rds")

接下来，我创建了一个距离矩阵来确定社区差异 样本之间应该产生一个 47 x 47 的矩阵

dist.mat <- phyloseq::distance(ps,method = "bray") # creating a distance matrix
attributes(dist.mat)$Size

## [1] 47

好的，正如预期的那样，但是……

cat(obj.size(dist.mat),sep = "\n")

## Object size: 453.3 Mb

对于这种大小的距离矩阵来说，这出奇地大（比如 量级更大）

经过调查我意识到这是因为 attributes(dist.mat)$call 很大，因为它包括每一个 来自原始社区矩阵的值。

dist.mat.small <- dist.mat
attributes(dist.mat.small)$call <- NULL
cat(obj.size(dist.mat.small),sep = "\n")

## Object size: 12.5 Kb

好的，看起来不错。更接近我对 尺寸。但是……当我尝试保存时……

saveRDS(dist.mat,file = "distance_matrix_original.rds")
saveRDS(dist.mat.small,file = "distance_matrix_small.rds")

cat(f.size("distance_matrix_original.rds"),sep = "\n")

## File size: 112.5 Mb

cat(f.size("distance_matrix_small.rds"),sep = "\n")

## File size: 112.5 Mb

这里发生了什么？为什么对象的文件大小相同 大小不一样？