Rosalind Consensus and Profile 问题代码不起作用

如何解决Rosalind Consensus and Profile 问题代码不起作用

这就是问题所在：http://rosalind.info/problems/cons/

def file_read(fname):
    with open(fname,"r") as myfile:
        global data
        data = myfile.readlines()
        print(data)
        i = 0
        while i < len(data):
            data[i] = data[i].replace("\n","")
            if ">" in data[i]:
                data.remove(data[i])
            else:
                i += 1
file_read('rosalind_cons.txt')
res = ["".join(el) for el in zip(*data)]
print(res)
a_str = ""
c_str = ""
g_str = ""
t_str = ""
for x in range(0,len(res)):
    a_str += (str(res[x].count("A"))) + " "
for x in range(0,len(res)):
    c_str += (str(res[x].count("C"))) + " "
for x in range(0,len(res)):
    g_str += (str(res[x].count("G"))) + " "
for x in range(0,len(res)):
    t_str += (str(res[x].count("T"))) + " "
a_str_nospace = a_str.replace(" ","")
c_str_nospace = c_str.replace(" ","")
g_str_nospace = g_str.replace(" ","")
t_str_nospace = t_str.replace(" ","")
consensus_string = ""
for x in range(0,len(a_str_nospace)):
    if max(a_str_nospace[x],c_str_nospace[x],g_str_nospace[x],t_str_nospace[x]) in a_str_nospace[x]:
        consensus_string += "A"
    elif max(a_str_nospace[x],t_str_nospace[x]) in c_str_nospace[x]:
        consensus_string += "C"
    elif max(a_str_nospace[x],t_str_nospace[x]) in g_str_nospace[x]:
        consensus_string += "G"
    elif max(a_str_nospace[x],t_str_nospace[x]) in t_str_nospace[x]:
        consensus_string += "T"

print(consensus_string)
print("A: " + a_str)
print("C: " + c_str)
print("G: " + g_str)
print("T: " + t_str)

我的代码有什么问题？ 对于示例输出，它有效，但对于较大的数据集则无效。 不知道怎么了，我觉得是文件读取部分不对（可能？）

编辑：那里有一些打印功能，但我不会将它们复制到答案框中，因此它们对结果无关紧要

解决方法

很高兴见到一位 Rosalind 用户。我在学习生物信息学时发现了那个页面，上个月又偶然发现了它。

回答您的问题： 您正在创建一串数字，因此如果数字都低于 10，则可以正常工作。 首先尝试构建一个整数列表，然后在最后一步将它们转换为字符串。