如何解决Snakemake Cloud 执行命令参数GCP
我想在 Google Cloud 平台上使用 Snakemake,所以我使用了本教程:https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executing/cloud.html
我做了第一步,然后我需要这样做:https://snakemake.readthedocs.io/en/v5.8.0/executing/cluster-cloud.html#executing-a-snakemake-workflow-via-kubernetes
阅读下面的文字后,我在我的 GCP 帐户中的一个项目中创建了一个名为 mybucketname 的存储桶,我的命令是:
snakemake --kubernetes --use-conda --default-remote-provider GS --default-remote-prefix mybucketname
问题是我收到错误“错误:未找到 Snakefile,尝试了 Snakefile、snakefile、工作流/Snakefile、工作流/snakefile。”
我尝试使用另一个不存在的存储桶名称更改命令中存储桶的名称,但出现相同的错误;这意味着该命令在 GCP 中找不到我的存储桶。
我还没有在控制台(我的存储桶所在的位置)中指定项目名称,所以也许这是解决方案?但我不知道如何指定。
我还尝试将 mybucketname 替换为在我的存储桶配置中写入的 gsutil 参数的链接 URL 和链接,但它不起作用
谁能帮帮我?谢谢
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