网络中的颜色集群成员

如何解决网络中的颜色集群成员

我想使用 membership() 作为调色板索引，根据它们所属的网络节点为网络节点着色。我在 igraph 对象的子集上计算集群。我希望只为子图的元素着色，其余部分为灰色。

我找到了一种方法，可以手动为小型网络执行此操作，但无法找到自动执行此操作的方法。

如果我使用讨论过的方法 here，它会崩溃。

library("igraph")
library("igraphdata")

data(karate)
V(karate)$name <- gsub("ctor ","",V(karate)$name)

karate_1 <- induced.subgraph(karate,vids=which(graph.coreness(karate) > 2))
clu <- cluster_louvain(karate_1)
membership(clu)
V(karate)$color <- ifelse(V(karate)$name %in% c("Mr Hi","A2","A3","A4","A8","A14","A20"),"green",ifelse(V(karate)$name %in% c("A5","A6","A7","A11"),"red",ifelse(V(karate)$name %in% c("A9","A24","A25","A26","A28","A29","A30","A31","A32","A33","John A"),"blue","grey50")))

plot(karate,mark.groups=communities(clu),vertex.label=NA,edge.color = "grey50")

解决方法

尝试以下操作。为了使代码更清晰，我创建了一个颜色向量，但这并不是绝对必要的。

为 membership(clu) 中存在的顶点名称创建逻辑索引；
为所有顶点指定默认颜色"grey50"；
使用逻辑索引和成员编号将簇颜色分配给它们各自的顶点。

并绘制图表。

clrs <- c("red","green","blue")
i <- V(karate)$name %in% names(membership(clu))
V(karate)$color <- "grey50"
V(karate)$color[i] <- clrs[membership(clu)]
plot(karate,mark.groups=communities(clu),vertex.label=NA,edge.color = "grey50")