Snakemake：使用通配符访问 dict 中的列表

如何解决Snakemake：使用通配符访问 dict 中的列表

为了分解它，我有一个看起来像这样的字典：

dict = {'A': ["sample1","sample2","sample3"],'B': ["sample1","sample2"],'C': ["sample1","sample3"]}

我有一个规则：

rule example:
      input:
          #some input
      params:
          # some params
      output:
          expand('{{x}}{sample}',sample=dict[wildcards.x])
          # the alternative I tried was
          # expand('{{x}}{sample}',sample=lambda wildcards: dict[wildcards.x])
      log:
          log = '{x}.log'
      run:
        """
        foo
        """

我的问题是如何以通配符.x 为键访问字典，以便获取与通配符对应的项目列表作为键。 第一个例子只是给了我

名称“通配符”未定义

而另一种选择只是给了我

缺少所有规则的输入文件 由于snakemake 甚至不运行示例规则。

我需要使用 expand，因为我希望规则对每个 x 通配符只运行一次，同时在这一次运行中创建多个样本。

解决方法

您只能在 input 部分中将 lambda 用作通配符的函数，而不能在 output 部分中使用。实际上输出没有任何通配符，它​​定义它们。

让我们从另一个角度重新思考您的任务。你如何决定输出产生多少样本？您正在定义 dict：这些信息来自哪里？您还没有显示实际的脚本，但它如何知道要产生多少输出？

从逻辑上讲，您可能有三个独立的规则（或至少两个），一个知道如何生成两个样本，另一个知道如何生成三个样本。

正如我所看到的，您遇到了问题 XY：您问了两次相同的问题，但您没有表达您的实际问题 (X)，同时通过将所有输出定义为字典 (Y) 来迫使不正确的实现.

更新：另一个可能的解决方案是使用 dynamic 输出：

rule example:
      input:
          #some input
      output:
          dynamic('{x}sample{n}')

这适用于您的情况，因为文件与常见模式“sample{n}”匹配。