如何解决在数据中显示共享和独特的特征
我有一个 OTU（观察）和植物物种的数据集。我想可视化植物物种之间共享和独特的 OTU。
这是部分数据
.OTU.ID T..kraussiana R..venulosa T..africanum T..repens I..evansiana Z..capensis V..unguiculata E..cordatum
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 glomus 6150 207 0 111 1144 945 9112 8862
2 Claroi~ 638 71 706 55 1415 510 10798 573
3 glomus~ 9232 1757 269 1335 0 0 87 1210
4 glomus~ 133 0 0 0 0 0 6764 3415
5 glomus 5292 0 1997 0 16 857 66 6562
6 glomus~ 1596 2675 1167 1800 27 552 0 21
7 glomus~ 119 179 544 148 0 792 24967 2471
8 glomus~ 10493 0 0 0 175 0 0 357
9 glomus~ 4011 0 0 0 0 0 0 477
10 glomus 2099 1012 15 902 0 726 0 28
解决方法
vegan::rarecurve 完成工作。
library(vegan)
rarecurve(dat[-1],sample=min(rowSums(m)),col="#F48024",lwd=2,main="This could be your title",cex=0.8)
数据：
dat <- read.table(header=TRUE,text="
.OTU.ID T..kraussiana R..venulosa T..africanum T..repens I..evansiana Z..capensis V..unguiculata E..cordatum
1 Glomus 6150 207 0 111 1144 945 9112 8862
2 Claroi~ 638 71 706 55 1415 510 10798 573
3 Glomus~ 9232 1757 269 1335 0 0 87 1210
4 Glomus~ 133 0 0 0 0 0 6764 3415
5 Glomus 5292 0 1997 0 16 857 66 6562
6 Glomus~ 1596 2675 1167 1800 27 552 0 21
7 Glomus~ 119 179 544 148 0 792 24967 2471
8 Glomus~ 10493 0 0 0 175 0 0 357
9 Glomus~ 4011 0 0 0 0 0 0 477
10 Glomus 2099 1012 15 902 0 726 0 28
")
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