加载 3D Niftii 图像并保存轴向、冠状、矢状的所有切片？

如何解决加载 3D Niftii 图像并保存轴向、冠状、矢状的所有切片？

我有一些大脑 MRI 扫描的 3D Niftii 数据集（FLAIR、T1、T2 等）。 例如，FLAIR 扫描为 144x512x512，体素大小为 1.1、0.5、0.5，我想从轴向、冠状和矢状视图获得 2D 切片，我将其用作 CNN 的输入。

我想做什么： 使用 nibabel 读入 .nii 文件，将它们保存为 Numpy 数组，并将轴向、冠状和矢状面的切片存储为 2D-PNG。

我尝试了什么：

-使用 med2image python 库

-使用 nibabel、Numpy 和图像编写自己的 python 脚本

问题：轴位图和日冕图以某种方式向一个方向拉伸。 Sagittal 正常工作。

我尝试调试 python 脚本并使用 Matplotlib 来显示我得到的数组

$users = DB::table('users')
            ->whereTime('created_at','>=','11:00:00')
            ->whereTime('created_at','<','12:00:00')
            ->get();

例如使用：

image = nibabel.load(inputfile)
image_array=image.get_fdata()

发现，数据已经在那里拉伸了。

我可以想出用

获得所需的输出

plt.imshow(image_array[:,:,250])
plt.show()

但是如何在保存图像时应用“aspect”之类的东西？或者是否有可能已经加载带有类似参数的 .nii 文件，以获取我可以使用的数据？

看起来，当 nibabel 加载 .nii 图像时，像素尺寸没有得到处理。但不幸的是我没有办法解决这个问题..

解决方法

我发现，无论图片是否拉伸，对训练我的 ML 模型都没有影响，因为我也在数据增强中这样做。 在 Slicer 或 MRICroGL 中打开漂亮的卷会显示卷，正如预期的那样，因为这些程序也考虑了标题。而且预测也非常好（即使图片被“拉伸”了，以某种方式以切片方式保存）

不过，看到拉伸的图片让我很恼火，我只是使用 cv2 实现了一些调整大小：

def saveSlice(img,fname,path):
    img=numpy.uint8(img*255)
    fout=os.path.join(path,f'{fname}.png')
    img = cv2.resize(img,dsize=(IMAGE_WIDTH,IMAGE_HEIGTH),interpolation=cv2.INTER_LINEAR)
    cv2.imwrite(fout,img)
    print(f'[+] Slice saved: {fout}',end='\r')

结果非常好，对我来说效果很好。