微信公众号搜"智元新知"关注
微信扫一扫可直接关注哦!

解析PDB文件以查找每个氨基酸的原子频率

如何解决解析PDB文件以查找每个氨基酸的原子频率

我正在尝试仅以ATOM开头的行来解析PDB文件。我希望我的输出看起来像:

amino acid  C     N     S     O
ARG         0.03  0.08  0.00  0.03
ASN         0.05  0.10  0.00  0.09
ASP         0.05  0.04  0.00  0.12
…etc
total:      531   142   9     156

到目前为止,我的代码给了我一个仅包含氨基酸和与之关联的原子的字符串。

import re
with open('3bmp.pdb') as pdb:
     for line in pdb:
          if line[:4] == 'ATOM':
               new = line.strip()
               for aa in new:
                    aa = new[17:21]
                    for atom in new:
                         atom = new[77]
pdb.close()

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。