如何解决解析PDB文件以查找每个氨基酸的原子频率
我正在尝试仅以ATOM开头的行来解析PDB文件。我希望我的输出看起来像:
amino acid C N S O
ARG 0.03 0.08 0.00 0.03
ASN 0.05 0.10 0.00 0.09
ASP 0.05 0.04 0.00 0.12
…etc
total: 531 142 9 156
到目前为止,我的代码给了我一个仅包含氨基酸和与之关联的原子的字符串。
import re
with open('3bmp.pdb') as pdb:
for line in pdb:
if line[:4] == 'ATOM':
new = line.strip()
for aa in new:
aa = new[17:21]
for atom in new:
atom = new[77]
pdb.close()
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。