了解如何在Slurm上提交并行计算作业

如何解决了解如何在Slurm上提交并行计算作业

我正在使用称为IAMR的流体求解器，并且试图通过学校集群使其更快地执行。我有添加节点和指定任务的选项，但是我不知道有什么区别是我们需要运行模拟。我正在尝试呈现单个模拟，到目前为止，以下Slurm脚本已起作用：

============================

#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -N 10  
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

=============================

除了不知道要请求多少个节点和任务外，我不确定我是否正确提交了作业。 IAMR指南中指出： 对于MPI构建，您可以使用以下命令并行运行：

mpiexec -n 4 ./amr2d.gnu.DEBUG.MPI.ex输入.2d。气泡

但是我提交工作时没有使用该行。我问一个朋友，他们说：通常，“任务”的意思是“ MPI流程”，因此，如果将问题分解成4个网格，然后AMReX起作用，则每个MPI等级可以更新一个网格，因此使用4个网格您将要求4个MPI流程。那是否意味着如果我请求4个任务，我必须弄清楚如何将网格划分为4个部分？任何见识都会有所帮助！这是我的集群规格：

Cluster Specs

解决方法

您的文件名为amr3d.gnu.MPI.OMP.ex。这是OpenMP程序（使用多个内核并行）还是MPI程序（在多个节点上可能使用多个进程）还是使用像文件名一样的两者的混合程序？

好吧，这是一个混合程序，所以我们说您使用2个节点，每个节点具有16个内核，那么您可以像这样

#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --ntasks=2
export OMP_NUM_THREADS=16

echo "Used nodes:" $SLURM_NODELIST
mpirun ./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt