使用scipy查找两个数组的点之间的最短距离

如何解决使用scipy查找两个数组的点之间的最短距离

我有两个数组centroids和nodes

我需要找到centroids中每个点到nodes中任何点的最短距离

以下是centroids的输出

array([[12.52512263,55.78940022],[12.52027731,55.7893347 ],[12.51987146,55.78855611]])

以下是nodes的输出

array([[12.5217378,55.7799275],[12.5122589,55.7811443],[12.5241664,55.7843297],[12.5189395,55.7802709]])

我使用以下代码获取最短的距离

shortdist_from_centroid_to_node = np.min(cdist(centroids,nodes))

但是，这是我得到的输出（我应该得到3行输出）

Out[131]: 3.0575613850140956e-05

任何人都可以指定这里的问题吗？谢谢。

解决方法

当您执行np.min时，它返回2d数组的最小值。您想要每个质心的最小值。

shortest_distance_to_centroid = [min(x) for x in cdist(centroids,nodes)]

拥有关联索引的一种方法是获取相应值的索引。另一种方法是编写一个自定义min（）函数，该函数还返回索引（因此您只解析列表一次）

[(list(x).index(min(x)),min(x)) for x in cdist(centroids,nodes)]  # the cast list() is needed because numpy array don't have index methods

具有自定义功能的解决方案：

def my_min(x):
       current_min = x[0]
       current_index = [1]

       for i,v in enumerate(x[1:]):
              if v < current_min:
                     current_min = v
                     current_index = i + 1
       return (current_index,current_min)

[my_min(x) for x in cdist(centroids,nodes)]

我想您所需要的只是添加一个名为axis的arg，就像这样：

shortdist_from_centroid_to_node = np.min(cdist(centroids,nodes),axis=1)

关于轴arg的含义，您可以参考https://blog.laravel.com/upgrading-to-composer-v2。总而言之，每行而不是整个矩阵都需要最少的内容。

如果我没记错的话，您的代码表明您正在尝试访问min值，因此您将获得一个值。删除np.min()尝试：

shortdist_from_centroid_to_node = cdist(centroids,nodes)