如何解决基因蛋白质序列数据库
我想知道是否有办法从NCBI下载或检索基因的所有蛋白质序列。我有很多GeneID想要迭代并检索其蛋白质序列。
是否有用于此目的的软件包或链接到NCBI基因的蛋白质序列？
解决方法
如果我正确理解您的要求，则可以直接从NCBI网站下载数据。搜索“基因的蛋白质序列”将返回45260条记录，可通过单击send to（右上角）并将其另存为文件来下载。
选中here。下载后，您只需从文件中加载数据即可。
如果您想以编程方式下载数据，则可以使用this FTP，下载最新数据，解压缩并查找所需内容，并按GeneID进行过滤。这些文件大多数每天更新。您可以阅读更多here，并根据此信息选择包含所需数据的文件。就我而言，您需要 gene2accession.gz 或 gene2refseq.gz
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