使用bowtie2为循环for循环应用文件限制

如何解决使用bowtie2为循环for循环应用文件限制

你好，我只想对一组文件应用循环，而不是对我的所有文件进行循环，我只想对目录中的某些文件进行循环

这是我使用的命令，是基于Bowtie2的基因组序列比对：

 for i in *1.fastq.gz
    do 
    base=$(basename $i "_1.fastq.gz")
    bowtie2 -p 8 -x /mnt/path/contigs -1 ${base}_1.fastq.gz -2 ${base}_2.fastq.gz | samtools view -b -o ${base}.bam -
    done

因此，使用此命令，bowtie2会与我的所有文件对齐，但是鉴于以下事实：在此文件夹中，有些文件的bowtie2分析已完成，因此我不希望bowtie2对这些文件再次进行分析，因此，我可以在此循环中添加任何子命令来避免对某些文件进行分析吗？

解决方法

创建2个文件，每个文件每行具有1个基本名：（1）输入，此处读取1个fastq基本文件名，以及（2）您现有的输出，此处为bam基本文件名。对文件进行排序，然后使用comm -23 file1 file2 > file3仅选择尚未映射的基本名称。然后遍历保存在file3中的内容。

快速而肮脏的解决方案（假设文件名没有空格）：

ls -1 *_1.fastq.gz | perl -pe 's/_1.fastq.gz//' | sort > in.basenames.txt
ls -1 *.bam | perl -pe 's/.bam//' | sort > out.basenames.txt
comm -23 in.basenames.txt out.basenames.txt > todo.in.basenames.txt

while read -r base_name ; do
    bowtie2 -1 ${base_name}_1.fastq.gz -2 ${base_name}_2.fastq.gz ...
done < todo.in.basenames.txt