从Fasta文件中提取映射的配对末端读

如何解决从Fasta文件中提取映射的配对末端读

我有10个样本，可以得到配对的末端读数：

   file1_R1.fq (mate 1)
   file1_R2.fq (mate 2)
   ...
   file10_R1.fq
   file10_R2.fq

还有Trinity.fasta文件。我想从我的读取文件中提取映射到Trinity.fasta的配对读取（如果未映射伴侣，我不想提取另一个。

我首先打了一个领结（显示file1的读取量为33983651 * 2），并得到10个bam文件。然后我在10个bam文件中的每个文件上运行此命令（第一个从bam文件中提取主要对齐方式）

samtools view -b -F 256 input.bam | samtools sort -n - | samtools fastq -1 R1.fastq.gz -2 R2.fastq.gz -

但是首先，当我计算文件3的读取次数时（例如），R1的读取次数为35354937，R2的读取次数为35328712（不是相同的数字吗？）

第二，我希望仅获得一致对齐的读码，精确匹配1或> 1次（参见图片！）。

因此，根据我的原始领结，我预计将仅获得22.44％+ 62.31％= 84.75％的读取数据（每个R1和R2文件中的读取量约为3000万）。 enter image description here 有人对哪里出了问题以及如何纠正我的代码有任何线索吗？

谢谢！