如何解决Nextflow:将脚本变量作为字符串放入R吗?
我正在尝试学习Nextflow,并努力使这个简单的脚本在R中工作:
echo true
col=Channel.from(2,4)
process getCols {
input:
val WD from "data/"
val col
script:
"""
#!/usr/bin/env Rscript
dat=read.csv(list.files(as.character($WD))
dat[,$col]
"""
}
这将返回以下错误:
Error executing process > 'getCols (1)'
Caused by:
Process `getCols (1)` terminated with an error exit status (1)
Command executed:
#!/usr/bin/env Rscript
dat=read.csv(list.files(as.character(data/))
dat[,2]
Command exit status:
1
Command output:
(empty)
Command error:
Error: unexpected ')' in "dat=read.csv(list.files(as.character(data/)"
Execution halted
我认为问题在于$ WD没有被解释为字符串。我该如何解决?
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。