疾病网

如何解决疾病网

我有一个包含两列的表：一列包含 <div class="table-responsive"> <table class="table"> ... </table> </div> ，另一列包含disease names。我想创建一个只有Genes的图形，如果两个节点有共同的基因会影响它们，则将它们连接起来。

我如何在Cytoscape中做到这一点？

解决方法

Cytoscape中没有按钮（或导入功能）会自动执行此转换。您需要在网络导入之前执行此转换，以构建所需的网络模型。或者，您可以按照以下算法在Cytoscape中执行多个步骤：

1. 导入疾病基因网络
2. 识别与给定基因节点相邻的疾病节点集（例如，选择每个基因，然后选择第一个邻居；或使用过滤器）
3. 将每个集中的节点连接成一个小集团（全部连接到所有节点）（例如，右键单击选定的集中，然后单击“添加”>“连接选定节点的边”）
4. 删除基因节点（因此删除所有疾病-基因连接）（例如，选择所有节点；或使用过滤器）

如果您喜欢R或Python，则可以在通过脚本进行转换的同时利用RCy3或py4cytoscape软件包与Cytoscape进行交互。