如何解决R将Counts.csv.gz文件转换为Seurat对象
我通常通过barcodes.tsv.gz函数将包含features.tsv.gz，matrix.mtx.gz和Read10X文件的过滤后的特征BC矩阵导入R环境，并通过{将数据转换为Seurat对象{1}}功能。
但是，我发现某些公开处理的CreateSeuratObject仅以scRNA-seq data文件的格式共享。
因此，我尝试通过以下命令将counts.csv.gz文件转换为Seurat对象；
countsData
但是，发生以下错误。
CreateAssayObject中的错误（计数=计数，最小单元格=最小单元格，最小特征=最小特征）： 输入矩阵中没有要素名称（行名）名称
这是counts.csv文件，看起来像这样。 我该如何解决这个问题？
解决方法
首先，作为CreateSeuratObject()输入的计数矩阵应在列中具有单元格，在行中具有要素。看来您应该使用t（）来将导入的计数与行名转换。
我建议您这样做：
countsData <- read.csv(file = "~path/TUMOR1_counts.csv",header = TRUE,row.names = 1)
Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = t(countsData),project = "Tumor2",min.cells = 3,min.features = 200)
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