如何解决Nexflow:带文件的结构化输入
- name: foobar
sex: male
fastqs:
- r1: /path/to/foobar_R1.fastq.gz
r2: /path/to/foobar_R2.fastq.gz
- r1: /path/to/more/foobar_R1.fastq.gz
r2: /path/to/more/foobar_R2.fastq.gz
- name: bazquux
sex: female
fastqs:
- r1: /path/to/bazquux_R1.fastq.gz
r2: /path/to/bazquux_R2.fastq.gz
请注意,fastq成对出现,每个“样本”的对数可能是可变的。
我想在nextflow中编写一个process
,一次处理一个样本。
为使nextflow执行程序正确封送文件,必须以某种方式将它们键入为path
(或file
)。这样键入后,执行程序会将文件复制到计算节点进行处理。只需将文件路径键入为var
即可将路径视为字符串,并且不会复制任何文件。
process foo {
input:
path x from '/some/data/file.txt'
"""
your_command --in $x
"""
}
我应该如何声明process
输入,以便文件正确地编组到计算节点?到目前为止,我还没有在文档中找到任何有关如何处理结构化输入的示例。
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