即使在Vaex和内存崩溃中,将sparsematrix转换为hdf5也需要花费大量时间

如何解决即使在Vaex和内存崩溃中,将sparsematrix转换为hdf5也需要花费大量时间

我有一个包含文本数据和数字特征的数据框。我已经对文本数据进行了矢量化处理,并计划将其与其余数字数据连接起来,以便在机器学习算法上运行。

我已经使用TIDF对文本数据进行了矢量化处理,如下所示:

from sklearn.feature_extraction.text import TfidfVectorizer
vect = TfidfVectorizer(max_features=10000)
text_vect = vect.fit_transform(myDataframe['text_column'])
text_vect_df = pd.DataFrame.sparse.from_spmatrix(text_vect)

text_vect_df.shape:250000 x 9300

我已将text_vect_df转换为csv文件,并使用vaex将其转换为hdf5,如下所示。 Vaex必须与hdf5格式兼容。

text_vaex_hdf5 = vaex.from_csv('text_vectorized.csv',convert=True,chunk_size=5_000_000)

text_vectorized.csv是4GB。vaex.from_csv()占用了太多时间,并且内存崩溃了(8GB RAM)。

我在Jupyterhub(带有外部GPU)中尝试使用text_vect_df.shape 200000 x 9300.的形状,它分块下载,每个块有7GB的空间,读取该文件会花费太多时间。

text_vectorized.csv_chunk0.hdf5
7.51 GB
text_vectorized.csv_chunk1.hdf5
7.51 GB
text_vectorized.csv_chunk2.hdf5
2.5 GB

问题1:hdf5文件如何大于原始的csv5文件?不应该更小吗? 问题2:如果较小的大小失败/崩溃,如何存储950000 x 10000大小的数据帧?

我了解了vaex,它看起来真的很酷,因为计算在几秒钟内发生。我很乐意继续进行这项工作,但是遇到了麻烦。我已经尝试过了。不像Vaex那样酷。

已经尝试过的解决方案:

  1. Pandas的to_hdf不应用于存储稀疏矩阵,因为https://vaex.readthedocs.io/en/latest/faq.html

当使用pandas .to_hdf方法时,输出的HDF5文件具有基于行的格式。另一方面,Vaex希望使用基于列的HDF5文件

  1. 没有dask或vaex,运行KNN,SVM或任何ML算法时内存就会崩溃。
  2. 苦苦尝试,没有运气,工作人员在客户端本地群集中被杀死。
  3. 有了Vaex,无法前进

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


使用本地python环境可以成功执行 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt # 设置字体 plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] # 能正确显示负号 p
错误1:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误还原:controller层有一个接口,访问该接口时报错:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误原因:没有接收到前端传入的参数,修改为如下 参考 错误2:cannot r
错误1:启动docker镜像时报错:Error response from daemon: driver failed programming external connectivity on endpoint quirky_allen 解决方法:重启docker -> systemctl r
错误1:private field ‘xxx‘ is never assigned 按Altʾnter快捷键,选择第2项 参考:https://blog.csdn.net/shi_hong_fei_hei/article/details/88814070 错误2:启动时报错,不能找到主启动类 #
报错如下,通过源不能下载,最后警告pip需升级版本 Requirement already satisfied: pip in c:\users\ychen\appdata\local\programs\python\python310\lib\site-packages (22.0.4) Coll
错误1:maven打包报错 错误还原:使用maven打包项目时报错如下 [ERROR] Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin:3.2.0:resources (default-resources)
错误1:服务调用时报错 服务消费者模块assess通过openFeign调用服务提供者模块hires 如下为服务提供者模块hires的控制层接口 @RestController @RequestMapping("/hires") public class FeignControl
错误1:运行项目后报如下错误 解决方案 报错2:Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.8.1:compile (default-compile) on project sb 解决方案:在pom.
参考 错误原因 过滤器或拦截器在生效时,redisTemplate还没有注入 解决方案:在注入容器时就生效 @Component //项目运行时就注入Spring容器 public class RedisBean { @Resource private RedisTemplate<String
使用vite构建项目报错 C:\Users\ychen\work>npm init @vitejs/app @vitejs/create-app is deprecated, use npm init vite instead C:\Users\ychen\AppData\Local\npm-
参考1 参考2 解决方案 # 点击安装源 协议选择 http:// 路径填写 mirrors.aliyun.com/centos/8.3.2011/BaseOS/x86_64/os URL类型 软件库URL 其他路径 # 版本 7 mirrors.aliyun.com/centos/7/os/x86
报错1 [root@slave1 data_mocker]# kafka-console-consumer.sh --bootstrap-server slave1:9092 --topic topic_db [2023-12-19 18:31:12,770] WARN [Consumer clie
错误1 # 重写数据 hive (edu)> insert overwrite table dwd_trade_cart_add_inc > select data.id, > data.user_id, > data.course_id, > date_format(
错误1 hive (edu)> insert into huanhuan values(1,'haoge'); Query ID = root_20240110071417_fe1517ad-3607-41f4-bdcf-d00b98ac443e Total jobs = 1
报错1:执行到如下就不执行了,没有显示Successfully registered new MBean. [root@slave1 bin]# /usr/local/software/flume-1.9.0/bin/flume-ng agent -n a1 -c /usr/local/softwa
虚拟及没有启动任何服务器查看jps会显示jps,如果没有显示任何东西 [root@slave2 ~]# jps 9647 Jps 解决方案 # 进入/tmp查看 [root@slave1 dfs]# cd /tmp [root@slave1 tmp]# ll 总用量 48 drwxr-xr-x. 2
报错1 hive> show databases; OK Failed with exception java.io.IOException:java.lang.RuntimeException: Error in configuring object Time taken: 0.474 se
报错1 [root@localhost ~]# vim -bash: vim: 未找到命令 安装vim yum -y install vim* # 查看是否安装成功 [root@hadoop01 hadoop]# rpm -qa |grep vim vim-X11-7.4.629-8.el7_9.x
修改hadoop配置 vi /usr/local/software/hadoop-2.9.2/etc/hadoop/yarn-site.xml # 添加如下 <configuration> <property> <name>yarn.nodemanager.res