如何解决R中没有Internet的BLAST
我有一些基因序列。我试图在NCBI中进行手动爆炸,这需要很多时间(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)。我所做的如下。
- 在FASTA序列空间中输入序列(例如:GGAGGACGGGTCCCGTGGCGCGGC)
- 选择数据库为SRA
- 添加数据库(例如:SRX032224(出租车:4530;运行:SRR074130 SRR074131 SRR074132))。这是一个SRA数据库。
- 为优化程序选择“有点相似的序列”选项
- 最后爆炸
我想做的是使用R而没有互联网连接。我已经使用以下链接下载了SRA数据:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?view=search_seq_name&exp=SRX032222&run=&m=search&s=seq
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