Snakemake在执行期间退出规则

如何解决Snakemake在执行期间退出规则

有没有一种方法可以打印出有用的消息并允许Snakemake退出工作流程而不会出错？我有这个示例工作流程：

def readFile(file):
    with open(file) as f:
        line = f.readline()
        return(line.strip())

def isFileEmpty(file):
    with open(file) as f:
        line = f.readline()
        if line.strip() != '':
            return True
        else:
            return False

rule all:
    input: "output/final.txt"

rule step1:
    input: "input.txt"
    output: "out.txt"
    run:
        if readFile(input[0]) == 'a':
            shell("echo 'a' > out.txt")
        else:
            shell("echo '' > out.txt")
rule step2:
    input: "out.txt"
    output: dynamic("output/{files}")
    run:
        i = isFileEmpty(input[0])
        if i:
            shell("echo 'out2' > output/out2.txt")
        else:
            print("Out.txt is empty,workflow ended")
            

rule step3:
    input: "output/out2.txt"
    output: "output/final.txt"
    run: shell("echo 'final' > output/final.txt")

在步骤1中，我正在读取input.txt的文件内容，如果不包含字母“ a”，则将生成一个空的out.txt。在步骤2中，检查out.txt是否为空。如果不为空，将执行步骤2和3，最后给出final.txt。如果为空，我希望Snakemake打印消息“ Out.txt为空，工作流结束”，并立即退出，而不执行步骤3并给出错误消息。现在，如果input.txt为空，我拥有的代码将在第2步显示消息，但仍将尝试运行第3步，并会给出MissingOutputException，因为未生成final.txt。我知道原因是因为final.txt是所有规则中的输入文件之一，但是我在编写此工作流时遇到了麻烦，因为可能会或可能不会产生final.txt。