消除snakemake临时目录

如何解决消除snakemake临时目录

为了节省PC上的空间，我正在使用snakemake中的FrameLayout函数。这消除了temp()目录中的所有文件{sample}.dup.bam，但没有目录本身。如何改善呢？

dup

解决方法

temp()函数将删除工作流中不再需要的所有文件。
由于您在rule all中指定需要创建文件dup/bam_list，snakemake不会删除此文件，因此也不会删除dup目录。我什至感到惊讶，因为您在rule all中要求删除所有bam文件。

提示

您正在定义规则之间的依赖关系：
运行rule samtools_markdup之前需要rule bam_list。因此，您不需要在expand("dup/{sample}.dup.bam",sample=SAMPLES)中要求rule all。鞋帮将被创建（并删除标记为临时文件的文件），以创建文件dup/bam_list。

如果您需要删除目录，则可以（可能）也将其标记为temp以及directory()函数：

output: temp(directory("dup")) 

，但是再一次，如果将此文件夹中的任何文件分配给rule all，则不会将其删除。使用目录总是有些棘手，因为snakemake使用文件（及其时间戳）来定义DAG。