如何解决biomaRt-getSequence既不返回序列也不返回错误消息
我有一套Sus scrofa的ENSEMBLE标识符,我想使用biomart获得它们各自的序列(cDNA,如果可能的话)。这对人类标识符没有任何问题,但是即使我可以使用ENSEMBLE网站手动检索我的标识符序列,我的猪数据也无法获得任何结果。
一个例子:
# Human - working
library(biomart)
ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes",dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
gene <- "ENSG00000175206"
biomartCacheClear()
seq <- getSequence(id = gene,type = "ensembl_gene_id",seqType = "cdna",mart = ensembl)
# Pig - not working
library(biomart)
ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes",dataset = "sscrofa_gene_ensembl")
gene <- "ENSSSCG00045003854"
biomartCacheClear()
seq <- getSequence(id = gene,mart = ensembl)
没有错误消息,seq
保留为空:
> seq
[1] cdna ensembl_gene_id
<0 Zeilen> (oder row.names mit Länge 0)
有人知道为什么它不起作用吗?也许我缺少了什么?由于存有序列信息,我相信不是因为不太流行的猪基因组数据。非常感谢您的帮助。
最好, 马丁
P.S:一个有关的小问题:对于上面的人类例子,我得到了3个具有相同标识符的不同cDNA序列。由于我不确定,它们之间到底有什么区别?
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