使用Snakemake编写阴影规则的示例

如何解决使用Snakemake编写阴影规则的示例

假设我有一个蛇形规则，如下：

rule ExampleNoShadow:
    input:
        inFile = "{runPath}/{sample}_inFile.txt",otherFile = "/some/other/directory/otherFile.txt"
    output:
        outFile1 = "{runPath}/{sample}_outFile.txt",outFile2 = "{runPath}/{sample}_otherFile.txt"
    shell:
        """
        cd {wildcards.runPath}
        cp {wildcards.sample}_inFile.txt {wildcards.sample}_outFile.txt
        cp {input.otherFile} {wildcards.sample}_otherFile.txt
        cd ..
        """

我将如何用shadow: "shallow"，shadow: "minimal"和shadow: "full"编写此规则，这将如何改变该规则的执行？根据文档，我还不太清楚（https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html?highlight=shadow#shadow-rules;是的，我已经看过了。）

解决方法

我不确定我是否理解这个问题，但是正如docs所示，您可以将影子关键字放在规则中，如下所示：

# get the count of clusters
# I note it as <cluster_count>
SELECT COUNT(cluster_id)
FROM clusters;

# get the contents whose record number in content_cluster equals to <cluster_count>;
# I note this list as <content_id_list>
SELECT content_id 
FROM content_cluster
GROUP BY content_id
HAVING COUNT(cluster_id)=<cluster_count>;

# update contents table
UPDATE contents
SET contents.status=1
WHERE content_id IN <content_id_list>

它将如何变化：

通过设置阴影：“浅”，顶级文件和目录是符号链接的，因此子目录中的任何相对路径将是文件系统中的真实路径。设置阴影：“ full”完全阴影了当前工作目录的整个子目录结构。设置阴影：“最小”仅将输入符号链接到规则。规则成功执行后，如有必要，输出文件将移至输出指示的实际路径。