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ComplexHeatmap:使用NA绘制和群集热图

如何解决ComplexHeatmap:使用NA绘制和群集热图

我正在按照https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-single-heatmap.html上的文档创建具有NA的热图。该文档说Heatmap()函数可以使用NA对数据进行聚类。但是,我收到一个关于抱怨数据中不适用NA的错误消息。

这是我的数据集:https://drive.google.com/file/d/1Wm-CUir57-eYnb0EnSxNLzKcTyLlj5Ux/view?usp=sharing

borderColor: (index == selected && answer == 2)? color1 : color2

保存图时出现此错误

library(ComplexHeatmap)
# I did this to prepare the input matrix.
na_index = sample(c(TRUE,FALSE),nrow(in_mat)*ncol(in_mat),replace = TRUE,prob = c(1,9))
in_mat[na_index] = NA

# And this to plot the heatmap.
ht <- Heatmap(in_mat,column_dend_side = "bottom",column_dend_height = unit(3,"cm"),column_dend_reorder = TRUE,column_split = 10,na_col = "black")

png(file.path(figures_folder,"hclust_heatmap_sig_only.png"),width = 30,height = 10,units = "in",res = 300)
draw(ht)
dev.off()

如果将NA替换为零或关闭群集,错误就会消失。

我想绘制一个热图,在行和列上均具有聚类,并将列或行分成K组。我想将NA保留在数据中。任何的意见都将会有帮助。谢谢。

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