计算R中两个字符串之间字符的二进制值之间的汉明距离

如何解决计算R中两个字符串之间字符的二进制值之间的汉明距离

我需要帮助！

想象一下我有一个包含n个元素的向量-。

每个元素都是一个带有64个字符的字符串（总是），我想建立一个所有元素的距离矩阵。每个元素的每个字符都是十六进制（0,1,2,3,4,5,6,7,8,9，a，b，c，d，e，f），X或{{ 1}}，其中-表示缺席，X表示任何值。

除了-和X以外，两个字符之间的距离必须是每个元素的二进制表示形式的汉明距离：

• 如果字符相等，则距离保持不变
• 如果任何字符是X，则距离也保持不变
• 如果任何字符是-并且它们不同，则距离增加5。
• 如果它们不同，则将字符的二进制表示之间的汉明距离添加到该距离中

我能够构建一个脚本来对其进行功能计算：

 dist = data.frame()
 for(m in 1:length(fp)){
    for(l in 1:length(fp)){
      d=0
      for(k in 1:nchar(fp[l])){
        if(substr(fp[m],k,k) == substr(fp[l],k)){d = d}
        else if((substr(fp[m],k)=="X")|((substr(fp[l],k)=="X"))){d = d}
        else if((substr(fp[m],k)=="-")|((substr(fp[l],k)=="-"))){d = d+5}
        else{
          d = d+sum(stringdist(as.character(as.binary(as.hexmode(substr(fp[m],k)),n=4)),as.character(as.binary(as.hexmode(substr(fp[l],n=4))))
        }
      }
      dist[l,m] = d
    }
  }

但是当fp长200+时，它会给我一条错误消息：

readiness probe and startup probe

我已经使用了Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)，但它仍然给出错误消息。

关于做什么的任何想法？