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高效地将pandas数据帧转换为scipy稀疏矩阵

如何解决高效地将pandas数据帧转换为scipy稀疏矩阵

我正在尝试将熊猫数据框转换为稀疏稀疏矩阵,以有效地使用许多功能

但是,我没有找到一种有效的方法来访问数据框中的值,因此在进行转换时,我总是会用光内存。我尝试了下面的两个解决方案,但它们根本无法工作。我做了很多研究,但没有发现更好的方法。如果有人有建议,我很乐意对其进行测试。

sparse_array = sparse.csc_matrix(df.values)
sparse_array = sparse.csc_matrix(df.to_numpy())

解决方法

如果您的数据框非常稀疏,则可以按列对其进行转换,然后进行堆栈:

from scipy import sparse

sparse_array = sparse.hstack([sparse.csc_matrix(df[i].values.reshape(-1,1)) for i in df.columns])

但最好的方法是将其变成稀疏的数据帧:

for i in df.columns:
    df[i] = df[i].astype(pd.SparseDtype(df[i].dtype))

sparse_array = sparse.csc_matrix(df.sparse.to_coo())

(请注意,如果您的dtypes在整个数据帧中都不相同,则可能会出现问题。

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