Snakemake中的CalledProcessError

如何解决Snakemake中的CalledProcessError

我有一条规则在我的Snakemake管道中运行megahit基因组组装程序：

rule perform_assembly_using_megahit:
  input:
    fq = "target.fq"
    
  output:
    fa    = "assembled_megahit/final.contigs.fa"
    
  threads:
    _NBR_cpuS
    
  run:
    command = MEGAHIT_DIR + "megahit -r " + input.fq + " -o " + _TEMP_DIR + "assembled_megahit/"
    shell(command)

我收到以下错误：

RuleException:
CalledProcessError in line 374 of Snakefile:
Command 'set -euo pipefail;  ext/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static/bin/megahit -r target.fq -o assembled_megahit/' returned non-zero exit status 1.

但是，如果我在CLI上运行相同的命令，则：

ext/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static/bin/megahit -r target.fq -o assembled_megahit/

程序运行没有任何问题。任何帮助将不胜感激。

谢谢！

解决方法

即使我在运行Snakefile之前已经删除了该目录，“输出目录assembled_megahit已经存在，请将参数-o更改为另一个值以避免覆盖”。

我相信snakemake在执行run指令之前会为输出文件创建必要的目录树。因此，即使在运行snakemake之前删除了输出目录，也会收到错误消息。

我认为您可以通过以下方式修复它：

 run:
    outdir= _TEMP_DIR + "assembled_megahit/"
    shutil.rmtree(outdir)
 
    command = MEGAHIT_DIR + "megahit -r " + input.fq + " -o " + outdir
    shell(command)

（显然，它假设outdir中没有任何有价值的东西）