在Snakemake管道中使用所有已安装的conda依赖版本创建文本文件

如何解决在Snakemake管道中使用所有已安装的conda依赖版本创建文本文件

我想知道是否可以在Snakemake管道中创建/回显所有已安装的conda软件包/依赖项的列表。我目前正在使用.yaml文件，这些文件定义了要安装的依赖项。

例如

medaka.yaml

name: medaka
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - medaka

哪个下载了Medaka的最新版本。

是否有一种简单的方法来打印我的管道使用的所有软件包版本的列表？ 像这样

Program             Version
Medaka              1.1.3
FastQC              0.11.9
Trimmomatic         0.38

解决方法

我将解析conda list的输出以打印conda环境的所有版本：

rule condaTools:
    output: "tools.txt"
    shell: """
           conda list | grep -v "^#" | sed 's/ \+/\t/g' | cut -f1,2 > {output}
           """

如果您有多个环境，则可以使用conda list -n <env_name>

为每个环境指定名称。