如何解决在R Shiny App中渲染R Markdown文档时，书目不起作用

问题

我正在尝试在Shiny应用程序中渲染R Markdown文档，我已经成功使用David在这篇帖子（RMarkdown in Shiny Application）中提供的非常有用的解决方案来成功实现了该文档。但是，我一直无法使用.bib文件中的引用来呈现该文档，该文件与Shiny app和R Markdown文档都位于同一目录中。请在下面找到一个最小的可复制示例。

R Markdown文档

RMarkdownFile.rmd

---
title: "RMarkdownFile"
author: "Test Author"
date: "15/10/2020"
output: html_document
bibliography: bibliography.bib
link-citations: yes
---

```{r setup,include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Statement

ggplot2 [@wickham2016ggplot2] is a great package!

## References

参考书目

bibliography.bib

@book{wickham2016ggplot2,title={ggplot2: elegant graphics for data analysis},author={Wickham,Hadley},year={2016},publisher={springer}
}

发光的应用程序

app.R

library(shiny)
library(knitr)

rmdfiles <- c("RMarkdownFile.rmd")
sapply(rmdfiles,knit,quiet = T)

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        withMathJax(includeMarkdown("RMarkdownFile.md"))
  )
)
server <- function(input,output) { }

shinyApp(ui,server)

结果

在应用程序外部编织RMarkdownFile.rmd效果很好，产生以下输出

RMarkdownFile
Test Author
15/10/2020
Statement
ggplot2 (Wickham 2016) is a great package!

References
Wickham,Hadley. 2016. Ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. springer.

但是，如上所述在Shiny应用程序中渲染RMarkdownFile.md无法从bibliography.bib文件生成文档中的引文和引用，如下所示

Statement
ggplot2 [@wickham2016ggplot2] is a great package!

References

更新-解决方案

在尝试了几种不同的方法之后，最简单的方法最终奏效了。以下是更新的Shiny App，其中包括从R markdown文档渲染的html文档，并带有引用。

app.R

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        includeHTML("RMarkdownFile.html")
  )
)
server <- function(input,server)

其他问题

但是.....虽然它可以处理从R markdown生成的基本HTML文档，但在RMarkdown文档的YAML块中包括“ self_contained：false”时，如下所示

---
title: "RMarkdownFile"
author: "Test Author"
date: "15/10/2020"
output: 
    html_document:
        self_contained: false
bibliography: bibliography.bib
link-citations: yes
---

导致放置在辅助文件夹中的项目，在这种情况下，该文件夹的标题为“ RMarkdownFile_files”，但Shiny应用程序找不到。通过Rstudio devtools检查Shiny中缺少的元素会发现以下错误：

无法加载资源：服务器响应状态为404（未找到）

相反，当在YAML块中包含“ self_contained：true”时，元素不再丢失，但是我无法访问使用Shinydashboard的非reprex Shiny应用程序中的多个选项卡。

编辑：我现在在另一篇文章 Including a HTML file rendered from RMarkdown in R Shiny apps using shinydashboard is causing tabItems to break

中记录了此问题

正确方法

编辑：这些问题现在已经使用下面的代码解决了，请注意，除非直接将RMarkdownFile.html文件放置在Shiny app目录的“ www”文件夹中，否则必须将其放置在该目录中。

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        htmltools::tags$iframe(src = "RMarkdownFile.html",width = '100%',height = 1000,style = "border:none;"))
  )
)
server <- function(input,server)

解决方法

正如我在上面更新的帖子中所详细描述的那样，要在Shiny应用程序中包含HTML文档，请使用以下代码（事后看来很明显！）：

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        includeHTML("RMarkdownFile.html")
  )
)
server <- function(input,output) { }

shinyApp(ui,server)

这适用于非常基本的闪亮应用程序，但是使用Shinydashboard会产生其他问题，Including a HTML file rendered from RMarkdown in R Shiny apps using shinydashboard is causing tabItems to break

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        htmltools::tags$iframe(src = "RMarkdownFile.html",width = '100%',height = 1000,style = "border:none;"))
  )
)
server <- function(input,server)

在R Shiny App中渲染R Markdown文档时，书目不起作用