当在akemake中的ues awk时发生NameError

如何解决当在akemake中的ues awk时发生NameError

首先，这是一个测试示例（Snakefile）：

rule test:
    input:"path/file1","path/file2"
    output:"path/file3"
    shell:
        """
        awk 'NR==FNR{score[$3]=$5;next}{{sum=0}for(i=$2;i<=$3;i++){sum+=score[i]}printf "%-10s\\t%-10s\\n",sum,$4}' {input[0]} {input[1]} >> {output}
        """

当我运行此脚本时，它返回NameError: The name 'score' is unkNown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them,i.e. {{print $1}}，我曾尝试{score}或复制{}，但所有方法都不起作用。所以，我想知道如何解决这个问题。谢谢。

解决方法

那是因为snakemake试图格式化文本并将变量放入字符串中。由于例如分数是脚本的一部分，snakemake无法推断出它属于哪个变量，并且崩溃。要避免这种行为，请使用双大括号：{{score[$3]}}。带有多个大括号的情况看起来很丑陋，就像您的规则

rule test:
    input:"path/file1","path/file2"
    output:"path/file3"
    shell:
        """
        awk 'NR==FNR{{score[$3]=$5;next}}{{{{sum=0}}for(i=$2;i<=$3;i++){{sum+=score[i]}}printf "%-10s\\t%-10s\\n",sum,$4}}' {input[0]} {input[1]} >> {output}
        """

（我希望我不会错过任何机会，但我想你明白了）