如何解决从Snakemake中的config.yaml访问文件路径
我正在与Snakemake一起进行NGS分析。我有一个输入文件列表,存储在YAML文件中,如下所示:
DATASETS:
sample1: /path/to/input/bam
.
.
我的Snakemake文件的非常简化的骨架(如先前在Snakemake: How to use config file efficiently和https://www.biostars.org/p/406452/中所述)如下:
rule all:
input:
expand("report/{sample}.xlsx",sample = config["DATASETS"])
rule call:
input:
lambda wildcards: config["DATASETS"][wildcards.sample]
output:
"tmp/{sample}.vcf"
shell:
"some mutect2 script"
rule summarize:
input:
"tmp/{sample}.vcf"
output:
"report/{sample}.xlsx"
shell:
"processVCF.py"
这抱怨缺少rule all
的输入文件。我真的不太确定我在这里缺少什么:有人可以指出我可以开始尝试解决我的问题的地方吗?
即使我执行snakemake -n tmp/sample1.vcf
,此问题仍然存在,因此,似乎该问题与无法将输入文件传递到rule call
有关。我有一种na的感觉,我真的在这里错过了一些琐碎的事情。
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