如何处理python图中的未知标签和边缘

如何解决如何处理python图中的未知标签和边缘

我有两个数组，a和b。我想画一个networkx图，将彼此靠近的值组合在一起，并相应地标记它们。知道怎么做吗？

解决方法

查找紧密对

您的算法找到了b到a的每个点的最接近点，但是您需要在距离阈值（在大多数情况下可能是空的）内确定它们的列表。可以借助scipy.spatial.KDTree来实现：

import numpy as np
from scipy.spatial import KDTree
from itertools import chain
def nearby_pts(a,b,distance):
    # indices of close points of `b` for each point of `a`
    a_data,b_data = np.expand_dims(a,axis=1),np.expand_dims(b,axis=1)
    idx = KDTree(b_data).query_ball_point(a_data,r=distance)
    return idx

然后，您会找到连接从a到b的闭合点索引对的边。无法完全矢量化，但我已尽力而为：

def close_pairs(a,distance):
    pts = nearby_pts(a,distance).tolist()
    pts_flatten = list(chain(*pts))
    idx = np.repeat(np.arange(len(pts)),[len(n) for n in pts])
    return np.c_[idx,pts_flatten]

输出：

>>> close_pairs(a,distance=150)
[[0,12],[1,11],[2,13],[3,7],[5,10],15],[6,8],[7,1],[8,2],[9,3],14],[10,0],[11,6],[12,4],[13,5],[14,[15,10]]

绘制图形

现在，您可以根据发现的边缘创建图形，但是首先需要重新标记节点的第二部分（b），以免与a部分重复。因此，您只需将len(a)添加到b的节点索引中即可，

import igraph as ig

pairs_relabel = close_pairs(a,distance=150) + [0,len(a)]
g = ig.Graph(n = len(a) + len(b))
g.add_edges(pairs_relabel)

pal = ig.drawing.colors.ClusterColoringPalette(2) #number of colors used is 2
color = pal.get_many([0]*len(a)+[1]*len(b)) #tags of colors
labels = np.r_[a.astype(int),b.astype(int)] #labels are integral values of nodes

ig.plot(g,bbox=(500,300),vertex_size=24,vertex_color = color,vertex_label_size=9,vertex_label = labels)