如何解决我想在一个.txt文件中并行执行多个linux命令行我正在使用GNU parallel
我在读取一个.txt文件中的多行Linux命令时遇到问题。 我想并行使用GNU。
当我阅读本教程时...我无法正确理解它。
我可以从官方教程中获得的唯一帮助是读取多个.txt文件。
我该如何解决？
解决方法
让我们假设您有以下文件：
/data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam
您要运行：
delly call -t DEL -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.DEL.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t DUP -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.DUP.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t INV -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.INV.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t TRA -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.TRA.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t INS -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.INS.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
然后您可以通过以下方式做到这一点：
parallel delly call -t {1} -n -q 15 -0 {2/}.{1}.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta {2} /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam ::: DEL DUP INV TRA INS ::: /data/jaesoon/DB/DB6/*.bam
我可以建议您阅读GNU Parallel 2018（网址为
或从以下网址下载：http://www.lulu.com/shop/ole-tange/gnu-parallel-2018/paperback/product-23558902.html）阅读
至少第1 + 2章。这应该花费您不到20分钟的时间，并且您的命令行
会为此而爱你的。
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