计算字符串中给定字符的概率多项式似然

如何解决计算字符串中给定字符的概率多项式似然

我有几个示例，其中每个示例都有两个字符串。一个是原始字符串，另一个是替代字符串。例如，如果您考虑以下情况（下面附加的数据框图像中的第一个示例）：

org_string = 'TACCA'
alternative_string = 'CGTTG'

对于每个字符，我都有每个替代字符的计数和频率。例如，在原始字符串中，我们在索引0处有一个 T （在图像中为 ref 列），在替代字符串中（该列为 > alt （在所附图片中）。因为我们对其进行了18次采样（请参见附件中的 AN ）。只有1次（请参见图片中的 AC ），我们获得了 C ，频率为1/18 = 0.056（请参见图片中的 AF 列）附件）。我想计算在python中每个位置给定频率下观察计数的可能性。我正在考虑在python中使用script.stats.multinomial。但是我不太了解如何在这种情况下使用它。这是多项式，因为在给定位置字符可以是 A，G，C或T 。见解会有所帮助。