如何解决使用r从ImageJ批处理.tiff中的遮罩中提取图像名称元数据
我正在尝试在r中编写一个for循环,该循环将从多个ImageJ批次(保存为.tiff文件)中提取图像名称元数据,每个批次包含1-10个单独的蒙版。到目前为止,我的批处理中单个蒙版实现此代码如下:
library(OpenImageR)
library(ijtiff)
tifflist <- list.files(pattern = ".tiff",recursive = T,full.names = T) #save all .tiff files from working directory to a list
batch <- readImage(tiffs[1],all = T) #read in one batch within the list
pixels <- sum(batch[[1]]) #count black pixels of one mask within the batch
name <- read_tags(tiffs[1],frames = "all")[1] #extract the name of that same mask
我一直在尝试使用“ ijtiff”包提取元数据,并且尽管我可以使用read_tags()看到许多其他元数据,但我仍无法成功找到该名称。是否有另一个我可以使用的软件包来实现这一目标?还是其他功能?我知道每个遮罩都有一个图像名称,因为仍然可以通过ImageJ找到它们。
最终的for循环会像这样放大:
results <- data.frame(nrow = length(tifflist),ncol = 2)
colnames(results) <- c("image name","pixel count")
for (i in length(tifflist)) {
batch <- readImage(tifflist[i],all = T)
for (j in length(batch)) {
pixels <- sum(batch[[j]])
name <- NA #edit once solution is found
results[j,1] <- pixels
results[j,2] <- name
}
}
任何指导将不胜感激!我是使用ImageJ和.tiff文件的新手,并且在将代码扩展到for循环方面经验有限。
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