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Snakemake:遍历DAG深度优先?

如何解决Snakemake:遍历DAG深度优先?

Snakemake似乎以广度优先的方式遍历DAG。是否有可能(例如通过一个选项/标志/等等)强迫snakemake遍历DAG的深度优先?

解决方法

我想出的一种方法是为每个规则设置优先级:

rule all:
    input:
        ["third_a.txt","third_b.txt","third_c.txt"]

rule first:
    output:
        touch("first_{sample}.txt")
    priority: 1

rule second:
    input:
        rules.first.output
    output:
        touch("second_{sample}.txt")
    priority: 2

rule third:
    input:
        rules.second.output
    output:
        touch("third_{sample}.txt")
    priority: 3

,如果您现在使用snakemake -j 1运行它,它将首先执行深度操作!

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