R：是否可以使用数据帧格式的质心进行分类

如何解决R：是否可以使用数据帧格式的质心进行分类

科学出版物发表了胰腺癌分类器，我想在自己的表达集上使用该分类器。他们提供的唯一信息是带有质心的数据框（行：基因x列：子类型）（https://doi.org/10.1053/j.gastro.2018.08.033，补充表2）。到目前为止，我还没有想过要重现这种分类模型以进行预测。

我找到的所有软件包，它们从表达式数据和标签计算质心，并输出模型以预测新的集合。不幸的是，标签未随本文发布。重新计算质心是不可能的。

问题：如何使用质心对另一个表达式集进行分类？

解决方法

您只能将k最近邻与质心一起使用。只需将质心用作训练数据，k =质心数。由于您没有提供任何数据，因此我将举一个使用虹膜数据的示例。具体质心在这里无关紧要，但是它们必须位于与您要分类的数据具有相同格式的数据框中。您可以根据需要调用类。我只叫它们A，B和C。

## Define some centroids
Centroids = aggregate(iris[,1:4],list(iris$Species),mean)[,-1]

library(class)
knn(train=Centroids,test = iris[,k=3,cl=c("A","B","C"))
  [1] B A A B C B C B C A B C C A A B C B C B A B C B C B B B B C B B C B A A A
 [38] A B B B B B A A B B C A A A B C C B A C B C C C B A B B C C A B A B B C C
 [75] A A C C B C C A B C C C B B C A C A C A B A A A B B A C C A C B B B C B A
[112] A B C B A C A B B A B B C B B C A A B A A B A C A B C B B A B C C A B A C
[149] B C
Levels: A B C