Nextflow没有使用正确的服务帐户将工作流部署到kubernetes

如何解决Nextflow没有使用正确的服务帐户将工作流部署到kubernetes

我们正在尝试在非默认的k8s命名空间上使用nextflow，我们使用的命名空间为nextflownamespace。我们已经创建了PVC，并确保默认服务帐户具有管理员角色绑定。我们收到一个错误，表明nextflow无法访问PVC：

"message": "persistentvolumeclaims \"my-nextflow-pvc\" is forbidden: 
User \"system:serviceaccount:mynamespace:default\" cannot get resource 
\"persistentvolumeclaims\" in API group \"\" in the namespace \"nextflownamespace\"",

在该错误中，我们看到system:serviceaccount:mynamespace:default错误地指向我们的默认名称空间mynamespace，而不是我们创建供下一个流程使用的nextflownamespace。

我们尝试将debug.yaml = true添加到nextflow.config中，但是找不到提交给k8的YAML以验证错误。我们的配置文件如下所示：

profiles {
  standard { 
    k8s {
          executor = "k8s"
          namespace = "nextflownamespace"
          cpus = 1
          memory = 1.GB
          debug.yaml = true
        }
    aws{ 
          endpoint = "https://s3.nautilus.optiputer.net"
       }
  }

我们确实验证了当我们将命名空间更改为另一个任意值时，错误消息使用了新的任意命名空间，但是服务帐户名继续错误地指向用户的默认命名空间。

我们尝试了我们可以想到的profiles.standard.k8s.serviceAccount = "system:serviceaccount:nextflownamespace:default"的所有变体，但这些尝试并没有带来任何改变。

解决方法

我认为最好避免在Nextflow中使用嵌套的config profiles。我会从您的个人资料中删除“标准”图层，或者只是将“标准”设为单独的个人资料：

profiles {

    standard {
      process.executor = 'local'
    }

    k8s {
        executor = "k8s"
        namespace = "nextflownamespace"
        cpus = 1
        memory = 1.GB
        debug.yaml = true
    }

    aws{ 
        endpoint = "https://s3.nautilus.optiputer.net"
    }
}