微信公众号搜"智元新知"关注
微信扫一扫可直接关注哦!

如何结合ggtree和直方图?

如何解决如何结合ggtree和直方图?

我想结合ggtree生成的p和基于dat的直方图。系统发育树和直方图都有相同的条目,但是我观察到的唯一一件事是没有任何文本或直方图的系统发育树。我不明白为什么树和直方图不结合。

library(ggtree)
library(ggplot2)


tree <- read.tree("mammal2.nh")

#My newick file "mammal2.nh" is : 
#(((((((((((((((((((((((((Monodelphis domestica)Monodelphis)Didelphinae)Didelphidae)Didelphimorphia)Metatheria,(((((((((((Mus musculus)Mus)Mus)Murinae)Muridae)Muroidea)Myomorpha,(((((Marmota marmota)Marmota)Marmotini)Xerinae)Sciuridae)Sciuromorpha)Rodentia)Glires)Euarchontoglires)Boreoeutheria)Eutheria)Theria)Mammalia)Amniota,((((((((Xenopus laevis)Xenopus)Xenopus)Xenopodinae)Pipidae)Pipoidea)Anura)Batrachia)Amphibia)Tetrapoda)Dipnotetrapodomorpha)Sarcopterygii)Euteleostomi)Teleostomi)Gnathostomata)Vertebrata)Craniata)Chordata)Deuterostomia)Bilateria)EuMetazoa)Metazoa)Opisthokonta)Eukaryota)cellular_organisms);


p<- ggtree(tree,branch.length='none')



Name = list('Marmota Marmota','Monodelphis domestica','Mus musculus','Xenopus laevis')
pcnt = list(5,20,6,9)

dat <- do.call(rbind,Map(data.frame,Name=Name,pcnt=pcnt))


p2 <- geom_facet(p,panel  = 'aa',data=dat,geom=ggstance::geom_histogramh(),aes(x=pcnt,y=Name),stat="identity"
)

p2

这就是我最终想要的样子。面板“树”和“特征”。

http://yulab-smu.top/treedata-book/chapter7

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


Selenium Web驱动程序和Java。元素在(x,y)点处不可单击。其他元素将获得点击?
Python-如何使用点“。” 访问字典成员?
Java 字符串是不可变的。到底是什么意思?
Java中的“ final”关键字如何工作?(我仍然可以修改对象。)
“loop:”在Java代码中。这是什么,为什么要编译?
java.lang.ClassNotFoundException:sun.jdbc.odbc.JdbcOdbcDriver发生异常。为什么?
这是用Java进行XML解析的最佳库。
Java的PriorityQueue的内置迭代器不会以任何特定顺序遍历数据结构。为什么?
如何在Java中聆听按键时移动图像。
Java“Program to an interface”。这是什么意思?