SciPy cdist速度差 - 编程之家

如何解决SciPy cdist速度差

我很好奇为什么以下cdist在时间上会有如此大的差异，即使它们产生相同的结果：

import numpy as np
from scipy.spatial.distance import cdist

x = np.random.rand(10_000_000,50)
y = np.random.rand(50)

result_1 = cdist(x,y[np.newaxis,:])

result_2 = cdist(x,:],`minkowski`,p=2.)

result_1比result_2快得多。

解决方法

欧几里得距离source lines 50-66的C实现使用乘法和sqrt()调用，而Minkowski距离source lines 381-391基于对{{1}的慢得多的调用}功能。

作为参考，请参阅讨论here和here，将pow()与乘法和pow进行比较。

因此，尽管看起来欧几里得规范只是调用Minkowski规范，source line 614，sqrt实际上calls directly through到代码不同的C实现。实际执行中未调用python cdist函数。